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朱由检终于来到南京城了，也就是说大明朝的朝廷又可以重新恢复了。
朱由检随后任命范景文、蒋德璟两人继续担任大学士，总领一切政务，同时拜授史可法为吏部尚书，负责大明治下官吏的考核。
史可法本来是南京兵部尚书，但是史可法本性倔强，没有兵法莫略，更适合吏部这个位置，至于兵部尚书，则继续有张缙彦担任。
户部尚书倪元潞则是从京城一路跟着朱由检来到南京，则继续担任户部尚书。
工部尚书自然就是落到了宋应星身上，此时宋应星在淮安炼钢，暂且无法赴任，工部政务就交给两个侍郎来处理。
刑部尚书为凌义渠，礼部尚书为吴麟征，兵书尚书为金铉，御史台御史由李邦华担任。
短短的三天，朱由检就完成了在南京新朝廷的建立，并且直接将民政权全副交给两位大学士处理。
而且朱由检直接废弃了宦官在朝政中的权利，一切政务全部交给六部和大学士直接处理，宦官只负责内侍。
借助来到南京的机会，朱由检直接将南京皇城里面的宦官从之前的一千人，裁撤到了三百人，这些人全部交给王承恩管理，他们只负责皇帝的日常的生活。
宦官在内廷的一切职务都是围绕皇帝的日常生活来进行的，至于之前衔接朝堂和皇帝之前的部分，之前都是宦官负责。
现在朱由检乘机了一个类似于后世的秘书处的机构，也直接命名为秘书处，设置官员直接衔接朝堂和朱由检之间的政务。
至于东厂等机构，朱由检也直接废除了，王承恩这个东厂的厂公也没有了，侦查谋逆之事，全部交给锦衣卫负责，由锦衣卫指挥使巩永固统领三千锦衣卫，只对朱由检负责。
朱由检也废除了锦衣卫的典狱之权，也就是说以后锦衣卫发现官员有谋逆的事情，不得直接抓捕审问，必须要将证据交给刑部，然后刑部来抓捕审问。
虽然锦衣卫的权利被限制了很多，但是这不是打压锦衣卫，朱由检反倒是承诺未来三年会将锦衣卫扩编到五千人。
因为朱由检将情报的侦查也全部交给了锦衣卫，之前锦衣卫密探在京城的活动，让朱由检非常欣赏，所以朱由检要将锦衣卫打造成一个专业的情报收集机构。
一番整改下来，最失望的当属内侍王承恩了，本来认为到了南京他就可以成为炙手可热之人，但是那里想到身边只有三百宦官，平日的事情就是维持皇城的正常运转，和朝堂一点关系都没有。
但是这是朱由检改革的重要一部，绝对不能继续重蹈覆辙，宦官干政几乎消耗了大明大部分的国力。
所以朱由检借着朝廷重立的机会，一切机构全部从简，也将宦官的权利直接废除了。
而且也不再设置监军一职，事实已经证明了，这些到了军中的监军太监，大部分都是中饱私囊，勒索卡要，干预将领指挥作战。
在政务安排完毕之后，朱由检就开始了最重要的军事，首先他带着兵部尚书张缙彦在南京城视察了一圈。
然后朱由检选定了十处地方，令张缙彦开始修建军营，将里面的百姓全部迁移走，但是要足额赔偿百姓损失，并且安置其它地方耕种。
南京的守军有八千人，还有驻守镇江由刘良佐统领的一万步卒，一万水师，然后就是各州府的驻守军队，从几百到数千不等。
朱由检选定的这十处地方，也就是朱由检练兵的地方，其中水营两座，加上原来南京城外的一座水营，一共有三座水营。
陆地营地八座，其中两个是给骑兵的营地，五个给步卒训练，还有一个是朱由检亲手规划的火枪兵营地，这里也是朱由检训练全新火枪兵的地方。
朱由检令张缙彦在三个月内必须要完成营地的修建，同时令兵部开始募兵，也就是招募职业军人，朱由检要在南京组建一支军队，用来稳定南方的局面。
眼下明朝可以控制的地方已经减少了很多，在北方有山东、淮安、徐州、凤阳，还有河南的汝宁府，这是明朝在河南最后的一个据点，由总兵高杰驻守。
江北还有扬州这个重镇，也在明朝的掌控之中。
至于江南，则是以南京为中心，南面是镇江和杭州、苏州、宁国、绍兴等地，这些地方也是江南最富庶的地方。
南京西南有武昌和南昌两座重镇，但是武昌守将左良玉已经有贰心，南面的福建在郑芝龙的控制之中。
郑芝龙是海寇出身，根本就不听明廷调遣，至于两广之地，虽然在明廷的管辖治下，但是兵力有限，而且被福建的郑芝龙，还有荆湖一带的刘宗铭阻隔，明朝也有些鞭长莫及。
局面很不乐观，朱由检要尽快稳定江南的局面，在朱由检判断，下一个开战的地方，北面就是山东，因为朱由检已经得到消息，豪格将会领兵南下攻打山东。
至于南面，朱由检认定下一个可能是在武昌，刘宗敏很可能会对武昌下手。
但是武昌的局面非常不稳定，范景文明确告知朱由检，武昌的左良玉拥兵自重，兵力已经将近二十万。
左良玉和刘良佐不同，左良玉控制着长江要地，而且他的反心在明朝京城失陷之前就已经非常明显了。
当初李自成在荆襄做大，朝廷令左良玉从四川赶赴荆湖作战，但是左良玉没有进攻李自成，而是乘机占据了武昌这个长江中游的要害之地。
朱由检明白左良玉绝对不会像刘良佐一样负荆请罪，于是为了试探左良玉的态度，朱由检传旨左良玉来南京觐见。
结果也不出朱由检的意料，左良玉以刘宗敏大军压境为由，拒绝来南京觐见朱由检。
左良玉的态度已经非常明显了，也就是第二个刘泽清，那么朱由检在南面就必须要防备左良玉了。
最后又经过一番规划，朱由检将眼下大明朝的现在能够掌控的国土进行了一番划分。
北方分为河南省、山东省、淮安省三地，在南方分为应天府，也就是南京辖区，浙江省、江西省，湖广省、贵州省、云南省、两广省七地。
北方的河南省以汝宁府和汝宁以南的城池为辖区，设置巡抚陈潜夫，总兵高杰统御。
山东省以济南和青州两地为中心，设置巡抚吕祺卲和总兵周遇吉统御。
淮安省以徐州、凤阳、扬州三府为中心，甚至巡抚孟兆祥，总兵黄得功统御。
南方应天府，也就是南京都城，辖区以南京、安庆、镇江、杭州、苏州、绍兴、嘉定、松江等地，设置应天巡抚张秉贞。
南京是要害之地，而且朱由检将苏杭一带最富裕的地方全部涵盖进来了，于是朱由检设置了四位总兵，李守荣、刘良佐、陈子龙、黄斐四人。
李守荣担任南京总兵，统领御林军保卫都城，刘良佐镇守镇江，陈子龙驻守杭州，黄斐为南京水师总兵，统领长江水师。
浙江省以绍兴府中心，设置巡抚徐石麟，总兵陈吾统御。
江西省以南昌府为中心，由巡抚杨延麟，总兵张国维担任江西的防御。
湖广省以长沙府为中心，由湖广巡抚堵胤锡，总兵何腾蛟担任湖广省的防御。
广东和广西设置两广巡抚苏观生，总兵陈际泰，担任两广之地防御。
云南则是由黔国公沐天波镇守，沐家世代镇守云南，已经十一世，可谓忠心耿耿，而且治理云南有方，开垦屯田三十万亩之多。
贵州彝族居多，由彝族统领安坤担任总兵，统领彝族狼兵，同时安抚使左懋第。
贵州情况特殊，主要以当地彝族为主，彝族头领安坤在当地威望最高，彝族狼兵也归属安坤统领，同时明廷设置安抚使左懋第，代表朝廷安抚当地彝族，为大明效命。
经过一番划分，朱由检将眼下大明的领土都划分的差不多了，其中还有两处，一个是武昌，还有一个福建，这两地虽然是大明土地，但是左良玉和郑芝龙早就拥兵自重，已经是大明朝的敌人了。
眼下朱由检在江北需要准备豪格的南下山东之战，在江南，他需要准备防御左良玉，此时左良玉佣兵二十万，战船五百多艘，势力庞大，随时可以成为当年的陈友谅，顺江南下攻打南京。
李守荣担任南京总兵，同时朱由检令他负责安庆防御，安庆是武昌南下的要地，如果安庆守不住，那么南京就危险了。
朱由检眼下最重要的事情就是招募新兵，各省兵马自行招募训练，基本保持在三万到五万之间，其中精兵保持在一万人以上，剩下的则以民兵守备军为主。
这也是当下的实际情况，各省的兵源多数都是农民，战事作战，闲时生产。
至于南京城，朱由检的计划组建精兵五万，民兵十五万，保持兵力的优势，准备迎战左良玉和刘宗敏。
兵部尚书张缙彦到了南京之后，整日带着兵部的官员下去招募新兵，这次张缙彦可是有了底气。
当初在京城招募新兵，张缙彦手中无钱无粮，但是现在好了，朱由检一出手就是五十万两，新兵入伍安家费一人五两，每个月军饷一两，进入精锐部队，饷银还会更高，战时会提升军饷。
这样的条件立刻让江南青年踊跃参军，只要是有些力气的，都争相来到招兵处报名。
计划招募的二十万新兵很快就完成了，这些新兵都是符合体检要求的，他们会在新兵训练场进行三个月的集训，然后挑选出五万人作为精锐使用，剩下的十五万人则会安置到南京辖区的州府守备。
朱由检来到南京之后，以雷厉风行的手段，在短短的一个月内，就完成了新朝廷和各地战区的划分。
但是也引起了很多人的不满，其中就有在江南势力庞大的东林党集团。
朱由检随后任命范景文、蒋德璟两人继续担任大学士，总领一切政务，同时拜授史可法为吏部尚书，负责大明治下官吏的考核。
史可法本来是南京兵部尚书，但是史可法本性倔强，没有兵法莫略，更适合吏部这个位置，至于兵部尚书，则继续有张缙彦担任。
户部尚书倪元潞则是从京城一路跟着朱由检来到南京，则继续担任户部尚书。
工部尚书自然就是落到了宋应星身上，此时宋应星在淮安炼钢，暂且无法赴任，工部政务就交给两个侍郎来处理。
刑部尚书为凌义渠，礼部尚书为吴麟征，兵书尚书为金铉，御史台御史由李邦华担任。
短短的三天，朱由检就完成了在南京新朝廷的建立，并且直接将民政权全副交给两位大学士处理。
而且朱由检直接废弃了宦官在朝政中的权利，一切政务全部交给六部和大学士直接处理，宦官只负责内侍。
借助来到南京的机会，朱由检直接将南京皇城里面的宦官从之前的一千人，裁撤到了三百人，这些人全部交给王承恩管理，他们只负责皇帝的日常的生活。
宦官在内廷的一切职务都是围绕皇帝的日常生活来进行的，至于之前衔接朝堂和皇帝之前的部分，之前都是宦官负责。
现在朱由检乘机了一个类似于后世的秘书处的机构，也直接命名为秘书处，设置官员直接衔接朝堂和朱由检之间的政务。
至于东厂等机构，朱由检也直接废除了，王承恩这个东厂的厂公也没有了，侦查谋逆之事，全部交给锦衣卫负责，由锦衣卫指挥使巩永固统领三千锦衣卫，只对朱由检负责。
朱由检也废除了锦衣卫的典狱之权，也就是说以后锦衣卫发现官员有谋逆的事情，不得直接抓捕审问，必须要将证据交给刑部，然后刑部来抓捕审问。
虽然锦衣卫的权利被限制了很多，但是这不是打压锦衣卫，朱由检反倒是承诺未来三年会将锦衣卫扩编到五千人。
因为朱由检将情报的侦查也全部交给了锦衣卫，之前锦衣卫密探在京城的活动，让朱由检非常欣赏，所以朱由检要将锦衣卫打造成一个专业的情报收集机构。
一番整改下来，最失望的当属内侍王承恩了，本来认为到了南京他就可以成为炙手可热之人，但是那里想到身边只有三百宦官，平日的事情就是维持皇城的正常运转，和朝堂一点关系都没有。
但是这是朱由检改革的重要一部，绝对不能继续重蹈覆辙，宦官干政几乎消耗了大明大部分的国力。
所以朱由检借着朝廷重立的机会，一切机构全部从简，也将宦官的权利直接废除了。
而且也不再设置监军一职，事实已经证明了，这些到了军中的监军太监，大部分都是中饱私囊，勒索卡要，干预将领指挥作战。
在政务安排完毕之后，朱由检就开始了最重要的军事，首先他带着兵部尚书张缙彦在南京城视察了一圈。
然后朱由检选定了十处地方，令张缙彦开始修建军营，将里面的百姓全部迁移走，但是要足额赔偿百姓损失，并且安置其它地方耕种。
南京的守军有八千人，还有驻守镇江由刘良佐统领的一万步卒，一万水师，然后就是各州府的驻守军队，从几百到数千不等。
朱由检选定的这十处地方，也就是朱由检练兵的地方，其中水营两座，加上原来南京城外的一座水营，一共有三座水营。
陆地营地八座，其中两个是给骑兵的营地，五个给步卒训练，还有一个是朱由检亲手规划的火枪兵营地，这里也是朱由检训练全新火枪兵的地方。
朱由检令张缙彦在三个月内必须要完成营地的修建，同时令兵部开始募兵，也就是招募职业军人，朱由检要在南京组建一支军队，用来稳定南方的局面。
眼下明朝可以控制的地方已经减少了很多，在北方有山东、淮安、徐州、凤阳，还有河南的汝宁府，这是明朝在河南最后的一个据点，由总兵高杰驻守。
江北还有扬州这个重镇，也在明朝的掌控之中。
至于江南，则是以南京为中心，南面是镇江和杭州、苏州、宁国、绍兴等地，这些地方也是江南最富庶的地方。
南京西南有武昌和南昌两座重镇，但是武昌守将左良玉已经有贰心，南面的福建在郑芝龙的控制之中。
郑芝龙是海寇出身，根本就不听明廷调遣，至于两广之地，虽然在明廷的管辖治下，但是兵力有限，而且被福建的郑芝龙，还有荆湖一带的刘宗铭阻隔，明朝也有些鞭长莫及。
局面很不乐观，朱由检要尽快稳定江南的局面，在朱由检判断，下一个开战的地方，北面就是山东，因为朱由检已经得到消息，豪格将会领兵南下攻打山东。
至于南面，朱由检认定下一个可能是在武昌，刘宗敏很可能会对武昌下手。
但是武昌的局面非常不稳定，范景文明确告知朱由检，武昌的左良玉拥兵自重，兵力已经将近二十万。
左良玉和刘良佐不同，左良玉控制着长江要地，而且他的反心在明朝京城失陷之前就已经非常明显了。
当初李自成在荆襄做大，朝廷令左良玉从四川赶赴荆湖作战，但是左良玉没有进攻李自成，而是乘机占据了武昌这个长江中游的要害之地。
朱由检明白左良玉绝对不会像刘良佐一样负荆请罪，于是为了试探左良玉的态度，朱由检传旨左良玉来南京觐见。
结果也不出朱由检的意料，左良玉以刘宗敏大军压境为由，拒绝来南京觐见朱由检。
左良玉的态度已经非常明显了，也就是第二个刘泽清，那么朱由检在南面就必须要防备左良玉了。
最后又经过一番规划，朱由检将眼下大明朝的现在能够掌控的国土进行了一番划分。
北方分为河南省、山东省、淮安省三地，在南方分为应天府，也就是南京辖区，浙江省、江西省，湖广省、贵州省、云南省、两广省七地。
北方的河南省以汝宁府和汝宁以南的城池为辖区，设置巡抚陈潜夫，总兵高杰统御。
山东省以济南和青州两地为中心，设置巡抚吕祺卲和总兵周遇吉统御。
淮安省以徐州、凤阳、扬州三府为中心，甚至巡抚孟兆祥，总兵黄得功统御。
南方应天府，也就是南京都城，辖区以南京、安庆、镇江、杭州、苏州、绍兴、嘉定、松江等地，设置应天巡抚张秉贞。
南京是要害之地，而且朱由检将苏杭一带最富裕的地方全部涵盖进来了，于是朱由检设置了四位总兵，李守荣、刘良佐、陈子龙、黄斐四人。
李守荣担任南京总兵，统领御林军保卫都城，刘良佐镇守镇江，陈子龙驻守杭州，黄斐为南京水师总兵，统领长江水师。
浙江省以绍兴府中心，设置巡抚徐石麟，总兵陈吾统御。
江西省以南昌府为中心，由巡抚杨延麟，总兵张国维担任江西的防御。
湖广省以长沙府为中心，由湖广巡抚堵胤锡，总兵何腾蛟担任湖广省的防御。
广东和广西设置两广巡抚苏观生，总兵陈际泰，担任两广之地防御。
云南则是由黔国公沐天波镇守，沐家世代镇守云南，已经十一世，可谓忠心耿耿，而且治理云南有方，开垦屯田三十万亩之多。
贵州彝族居多，由彝族统领安坤担任总兵，统领彝族狼兵，同时安抚使左懋第。
贵州情况特殊，主要以当地彝族为主，彝族头领安坤在当地威望最高，彝族狼兵也归属安坤统领，同时明廷设置安抚使左懋第，代表朝廷安抚当地彝族，为大明效命。
经过一番划分，朱由检将眼下大明的领土都划分的差不多了，其中还有两处，一个是武昌，还有一个福建，这两地虽然是大明土地，但是左良玉和郑芝龙早就拥兵自重，已经是大明朝的敌人了。
眼下朱由检在江北需要准备豪格的南下山东之战，在江南，他需要准备防御左良玉，此时左良玉佣兵二十万，战船五百多艘，势力庞大，随时可以成为当年的陈友谅，顺江南下攻打南京。
李守荣担任南京总兵，同时朱由检令他负责安庆防御，安庆是武昌南下的要地，如果安庆守不住，那么南京就危险了。
朱由检眼下最重要的事情就是招募新兵，各省兵马自行招募训练，基本保持在三万到五万之间，其中精兵保持在一万人以上，剩下的则以民兵守备军为主。
这也是当下的实际情况，各省的兵源多数都是农民，战事作战，闲时生产。
至于南京城，朱由检的计划组建精兵五万，民兵十五万，保持兵力的优势，准备迎战左良玉和刘宗敏。
兵部尚书张缙彦到了南京之后，整日带着兵部的官员下去招募新兵，这次张缙彦可是有了底气。
当初在京城招募新兵，张缙彦手中无钱无粮，但是现在好了，朱由检一出手就是五十万两，新兵入伍安家费一人五两，每个月军饷一两，进入精锐部队，饷银还会更高，战时会提升军饷。
这样的条件立刻让江南青年踊跃参军，只要是有些力气的，都争相来到招兵处报名。
计划招募的二十万新兵很快就完成了，这些新兵都是符合体检要求的，他们会在新兵训练场进行三个月的集训，然后挑选出五万人作为精锐使用，剩下的十五万人则会安置到南京辖区的州府守备。
朱由检来到南京之后，以雷厉风行的手段，在短短的一个月内，就完成了新朝廷和各地战区的划分。
但是也引起了很多人的不满，其中就有在江南势力庞大的东林党集团。